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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  44 lines
  1. **********************************
  2. * Serum albumin family signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Four different serum proteins are  known to be  evolutionary related [1,2,3]:
  6.  
  7.  - Albumin,  the main protein of plasma. It binds water, cations such as Ca++,
  8.    Na+, K+,  fatty  acids, hormones, bilirubin and drugs. Its main function is
  9.    the regulation of the colloidal osmotic pressure of blood.
  10.  - Alpha-fetoprotein (AFP) (alpha-fetoglobulin). AFP is a fetal plasma protein
  11.    which also binds various cations, fatty acids and bilirubin.
  12.  - Vitamin D-binding protein (VDBP), also known as group-specific component or
  13.    Gc-globulin.
  14.  - Alpha-albumin, a protein whose biochemical role is not yet characterized.
  15.  
  16. Structurally, these proteins consist of three homologous domains  of about 190
  17. amino acids.  Each  domain  contains  five  or six internal disulfide bonds as
  18. shown in the following schematic representation.
  19.  
  20.                     +---+          +----+                        +-----+
  21.                     |   |          |    |                        |     |
  22.  xxCxxxxxxxxxxxxxxxxCCxxCxxxxCxxxxxCCxxxCxxxxxxxxxCxxxxxxxxxxxxxxCCxxxxCxxxx
  23.    |                 |       |     |              |            ***|********
  24.    +-----------------+       +-----+              +---------------+
  25.  
  26. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  27. '*': position of the pattern.
  28.  
  29. The signature  pattern we derived is based on three conserved cysteines at the
  30. end of  the domain. We built it in such a way that it can detect all 3 repeats
  31. in albumin, the first two in AFP and the first one in VDBP and alpha-albumin.
  32.  
  33. -Consensus pattern: [FY]-x(6)-C-C-x(7)-C-[LFY]-x(6)-[LIVMFYW]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: human and rat CD63/AD-1 antigen.
  36. -Last update: June 1994 / Text revised.
  37.  
  38. [ 1] Haefliger D.N., Moskaitis J.E., Schoenberg D.R., Wahli W.
  39.      J. Mol. Evol. 29:344-354(1989).
  40. [ 2] Schoentgen F., Metz-Boutigue M.-H., Jolles J., Constans J., Jolles P.
  41.      Biochim. Biophys. Acta 871:189-198(1986).
  42. [ 3] Belanger L., Roy S., Allard D.
  43.      J. Biol. Chem. 269:5481-5484(1994).
  44.